Die einstige Meerjungfrau Arielle lebt nun als Mensch mit Prinz Eric auf seinem Schloss. Die beiden haben eine kleine Tochter namens Melody. Bei einer Zeremonie zu ihrer Taufe will Ursulas böse Schwester Morgana die Kleine entführen, um ihre tote Schwester zu rächen und endlich die Königin der Meere zu sein. Mit Hilfe von Triton und den anderen Meeresbewohnern gelingt es jedoch, sie zu retten. Morgana schwört Rache. Tritons Gefolge versucht, Morgana zu finden. Als die Suche jedoch erfolglos bleibt, fasst Arielle einen Entschluss: Sowohl Melody als auch sie selbst dürfen nicht ins Meer, ehe Morgana nicht gefunden wird. Außerdem darf Melody von den Meermenschen und Atlantica nichts wissen, auch von ihrem Großvater, König Triton, nicht. Das Medaillon, das er Melody geschenkt hat, darf sie nicht behalten, da darin die Unterwasserstadt Atlantica und ihre Einwohner zu sehen sind, von denen Melody ja nichts wissen darf. Enttäuscht wirft Triton Melodys goldenes muschelförmiges Medaillon, auf dem sogar ihr Name steht, ins Meer.

12 Jahre später: Melody ist nun ein Teenager. Sie liebt das Meer und taucht heimlich unter der vor dem Schloss errichteten Mauer hinaus. Dort im Meer wird sie von Arielles ehemaligem Babysitter Sebastian, der Krabbe, behütet. Eines Tages gesteht sie ihm, dass sie manchmal davon träume, Flossen zu haben. Nachdem sie sich auf ihrer Geburtstagsparty beim jugendlichen Adel blamiert hat, als sie mit Sebastian gesprochen hat, zieht sie sich in ihr Zimmer zurück, auf dem sie eine Tasche mit Muscheln versteckt hat. Sie nimmt eine goldene Muschel an einer Kette heraus, entfernt etwas Algen und erkennt ihren Namen. Als Arielle ins Zimmer kommt, klappt Melody das Medaillon auf. Man sieht die Unterwasserstadt Atlantica und mehrere Meermenschen. Arielle bittet Melody, zu verraten, woher sie es hat und wird erbost, als Melody ihr gesteht, dass sie im Meer geschwommen ist. Es kommt zum Streit, und Melody läuft fort. Sie paddelt mit einem Boot hinaus aufs Meer, um die Bedeutung des Medaillons zu erfahren und wird zu Morgana gebracht.

Bei Morgana angekommen, verwandelt diese Melody in eine Meerjungfrau und gewinnt so ihr Vertrauen. Auch im Meer findet sie schnell Freunde: Tip und Top, ein Pinguinund ein Walross. Morgana gibt ihr den Auftrag, ihr den mächtigen Dreizack Tritons zu besorgen, da Triton ihn ihr angeblich stahl, und sie nur mithilfe des Dreizacks dafür sorgen kann, dass Melody für immer eine Meerjungfrau bleibt. Da Melody nichts von ihrem Großvater weiß, willigt sie ein und macht sich mit ihren Freunden auf nach Atlantica. Bald darauf erreichen sie die Unterwasserstadt.